Từ ngày 01/07/2026, Thông tư 94/2026/TT-BTC chính thức có hiệu lực thi hành, thay thế hoàn toàn cho Thông tư 31/2021/TT-BTC về áp dụng quản lý rủi ro trong quản lý thuế. Đây được coi là một bước ngoặt lớn trong tư duy quản lý của ngành Thuế Việt Nam, chuyển dịch mạnh mẽ từ phương thức kiểm soát hành chính truyền thống sang mô hình quản lý tuân thủ dựa trên đánh giá rủi ro tự động bằng công nghệ thông tin.

Để giúp các doanh nghiệp, hộ kinh doanh, các chuyên gia kế toán - kiểm toán và cơ quan quản lý thuế nhanh chóng nắm bắt, chủ động thích ứng với những thay đổi mang tính chiến lược này, hethongphapluat.com đã biên soạn và phát hành Bảng so sánh đối chiếu trực tiếp giữa Thông tư 94/2026/TT-BTC và Thông tư 31/2021/TT-BTC. Dưới đây là bài phân tích chuyên sâu và tóm tắt những điểm mới cốt lõi nhất mà mọi người nộp thuế cần phải đặc biệt lưu ý.

1. Bối cảnh ra đời và căn cứ pháp lý mới của Thông tư 94/2026/TT-BTC

Sự ra đời của Thông tư 94/2026/TT-BTC không phải là một sự điều chỉnh đơn lẻ, mà là kết quả tất yếu nhằm cụ thể hóa các quy định mới tại Luật Quản lý thuế 2025 (Luật số 108/2025/QH15, có hiệu lực từ ngày 01/07/2026) - văn bản thay thế cho Luật Quản lý thuế 2019.

Trong bối cảnh nền kinh tế số phát triển vượt bậc, các giao dịch thương mại điện tử xuyên biên giới và các mô hình kinh doanh mới bùng nổ, phương thức quản lý thuế cũ bộc lộ nhiều hạn chế. Việc áp dụng Thông tư 31/2021/TT-BTC trước đây chủ yếu tập trung vào việc phân loại rủi ro để phục vụ công tác thanh tra, kiểm tra sau thông quan hoặc kiểm tra tại trụ sở. Trong khi đó, Thông tư 94/2026/TT-BTC hướng tới một mục tiêu rộng lớn hơn: Quản lý tuân thủ toàn diện. Nghĩa là cơ quan thuế không chỉ đi tìm sai phạm để phạt, mà chủ động phân loại, hỗ trợ và khuyến khích người nộp thuế tự nguyện tuân thủ pháp luật ngay từ đầu.

2. Những thay đổi cốt lõi về tư duy quản lý: Từ "Quản lý rủi ro" sang "Quản lý tuân thủ"

Điểm khác biệt lớn nhất giữa hai văn bản nằm ngay ở phạm vi điều chỉnh và tên gọi của các chế định pháp lý. Nếu như Thông tư 31/2021/TT-BTC chỉ tập trung vào cụm từ "quản lý rủi ro", thì Thông tư 94/2026/TT-BTC đã bổ sung song song cụm từ "quản lý tuân thủ". Sự thay đổi này mang lại những tác động sâu sắc:

• Thay đổi phân loại mức độ tuân thủ: Chuyển từ mức "Tuân thủ cao" sang "Tuân thủ tốt". Việc thay đổi thuật ngữ này đi kèm với việc bổ sung các tiêu chí định lượng rõ ràng hơn, giúp giảm thiểu sự can thiệp cảm tính của công chức thuế trong quá trình đánh giá.
• Mở rộng nguồn thông tin đầu vào: Bên cạnh các thông tin truyền thống, cơ quan thuế sẽ thu thập thêm thông tin về quan hệ góp vốn, quan hệ liên kết của doanh nghiệp, kết quả kiểm toán độc lập, kết quả điều tra của các cơ quan chức năng khác để đưa vào hệ thống dữ liệu lớn (Big Data) phục vụ phân tích tự động.
• Chế độ ưu tiên đặc biệt: Người nộp thuế được phân loại ở mức "Tuân thủ tốt" sẽ được hưởng các chế độ ưu tiên vượt trội trong quá trình hoàn thuế, kiểm tra hồ sơ và hỗ trợ thủ tục hành chính, tạo ra lợi thế cạnh tranh cực kỳ lớn trên thị trường.

3. Bảng so sánh chi tiết Thông tư 94/2026/TT-BTC và Thông tư 31/2021/TT-BTC

Dưới đây là bảng đối chiếu trực tiếp các tiêu chí quan trọng nhất giữa hai Thông tư, giúp người đọc dễ dàng hình dung quy trình chuyển đổi pháp lý:

4. Tác động thực tế đối với doanh nghiệp và người nộp thuế từ tháng 7/2026

Việc chuyển đổi sang áp dụng Thông tư 94/2026/TT-BTC mang lại cả cơ hội lẫn thách thức lớn cho cộng đồng doanh nghiệp:

Về mặt cơ hội: Những doanh nghiệp có hệ thống kiểm soát nội bộ tốt, số liệu kế toán minh bạch và luôn chủ động nộp thuế đúng hạn sẽ được xếp hạng "Tuân thủ tốt". Nhóm này sẽ được cơ quan thuế tạo điều kiện tối đa, rút ngắn thời gian hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT), giảm thiểu tối đa các cuộc thanh tra, kiểm tra trực tiếp tại trụ sở doanh nghiệp. Điều này giúp doanh nghiệp tiết kiệm chi phí vận hành và tập trung nguồn lực vào hoạt động sản xuất kinh doanh.

Về mặt thách thức: Đối với các doanh nghiệp có thói quen trì hoãn nộp tờ khai, chậm nộp tiền thuế, hoặc có các giao dịch liên kết mờ ám, hệ thống AI của ngành Thuế sẽ tự động chấm điểm rủi ro cao. Khi đã bị xếp vào nhóm "Rủi ro cao" hoặc "Không tuân thủ", doanh nghiệp sẽ đối mặt với tần suất kiểm tra hồ sơ khai thuế dày đặc, bị áp dụng các biện pháp cưỡng chế nghiêm ngặt và gặp khó khăn lớn trong việc giải trình hóa đơn, chứng từ.

5. Giải pháp tối ưu hóa quản trị rủi ro thuế cho doanh nghiệp

Để không bị rơi vào nhóm rủi ro cao dưới sự vận hành của Thông tư 94/2026/TT-BTC, các doanh nghiệp cần chủ động thực hiện các giải pháp sau:

1. Xây dựng quy trình kiểm soát nội bộ chặt chẽ: Thường xuyên đối chiếu số liệu giữa tờ khai thuế và sổ sách kế toán, đảm bảo tính khớp đúng 100% trước khi gửi lên hệ thống của cơ quan thuế.
2. Minh bạch hóa các giao dịch liên kết: Chuẩn bị đầy đủ hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết theo đúng quy định, tránh việc bị cơ quan thuế ấn định thuế do thiếu thông tin giải trình.
3. Ứng dụng công nghệ trong quản lý hóa đơn: Sử dụng các phần mềm quản lý hóa đơn điện tử thông minh để tự động phát hiện các hóa đơn của doanh nghiệp bỏ trốn hoặc ngừng hoạt động, giảm thiểu rủi ro bị phạt về hành vi sử dụng hóa đơn không hợp pháp.
4. Sử dụng công cụ tra cứu chuyên nghiệp: Trang bị cho bộ phận pháp chế và kế toán các tài liệu đối chiếu chuyên sâu để luôn đi trước một bước trong việc nắm bắt luật định.

Khuyến nghị từ chuyên gia pháp lý hethongphapluat.com: Việc tự đối chiếu hai văn bản luật có dung lượng lớn và nhiều thuật ngữ chuyên ngành rất dễ dẫn đến những sai sót hoặc hiểu không đầy đủ. Doanh nghiệp nên sử dụng các công cụ so sánh trực quan dưới dạng bảng biểu Excel để có cái nhìn tổng quan và chính xác nhất.

6. Đặt mua Bảng so sánh trực tiếp Thông tư 94/2026/TT-BTC và Thông tư 31/2021/TT-BTC

Nhằm hỗ trợ tối đa cho quý khách hàng, hethongphapluat.com đã hoàn thiện Bảng so sánh đối chiếu chi tiết dưới dạng file Excel. File tài liệu được thiết kế khoa học, phân tích chi tiết từng điều khoản thay đổi, bổ sung, bãi bỏ kèm theo nhận xét chuyên sâu từ các chuyên gia luật thuế hàng đầu.

Để sở hữu ngay công cụ tra cứu tuyệt vời này, quý khách vui lòng liên hệ trực tiếp với chúng tôi:

Hãy chủ động bảo vệ doanh nghiệp của bạn trước những thay đổi pháp lý quan trọng ngay hôm nay!