Bối cảnh mới trong quản lý thuế xuất nhập khẩu năm 2026
Tính đến tháng 4/2026, ngành Hải quan Việt Nam đã có những bước tiến dài trong lộ trình chuyển đổi số toàn diện. Việc ban hành Dự thảo Thông tư mới thay thế và bổ sung cho Thông tư 06/2021/TT-BTC không chỉ đơn thuần là sự thay đổi về mặt kỹ thuật, mà còn là một bước ngoặt trong tư duy quản lý: Chuyển từ tiền kiểm sang hậu kiểm và đề cao tính tự giác, chịu trách nhiệm của người nộp thuế.
1. Siết chặt trách nhiệm kê khai: Không chỉ là sự trung thực mà còn là trách nhiệm pháp lý
Một trong những điểm nhấn quan trọng nhất tại Dự thảo lần này nằm ở việc cụ thể hóa trách nhiệm của người nộp thuế. Theo quy định tại Điều 17 Luật Quản lý thuế 2019, người nộp thuế có nghĩa vụ khai thuế chính xác. Tuy nhiên, Dự thảo Thông tư mới đã nâng tầm yêu cầu này khi bổ sung quy định người nộp thuế phải chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính hợp pháp của mọi dữ liệu điện tử đã truyền gửi.
"Người nộp thuế phải đảm bảo tính thống nhất tuyệt đối giữa hồ sơ lưu trữ tại trụ sở doanh nghiệp và dữ liệu đã nộp qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan. Mọi sai lệch không có lý do chính đáng sẽ bị xem xét dưới góc độ vi phạm hành chính hoặc hình sự tùy mức độ."
Điều này đòi hỏi các doanh nghiệp phải nâng cao năng lực quản trị rủi ro và kiểm soát nội bộ đối với bộ phận kế toán thuế và xuất nhập khẩu.
2. Xác định thời điểm nộp thuế trong kỷ nguyên thanh toán số
Với sự phổ biến của các dịch vụ trung gian thanh toán, việc xác định chính xác "ngày nộp thuế" trở nên cực kỳ quan trọng để tránh phát sinh tiền chậm nộp. Dự thảo đã làm rõ:
- Đối với phương thức điện tử: Ngày nộp thuế là ngày Hệ thống ứng dụng của ngân hàng hoặc tổ chức trung gian xác nhận giao dịch trích tiền thành công.
- Đối với nộp trực tiếp: Là ngày tổ chức thu hộ xác nhận trên liên chứng từ nộp tiền.
Quy định này giúp loại bỏ những tranh cãi pháp lý giữa doanh nghiệp và cơ quan thuế về thời điểm tiền thực sự vào ngân sách nhà nước, đặc biệt là trong các giao dịch thực hiện vào ngày nghỉ hoặc ngoài giờ hành chính.
3. Cơ chế linh hoạt trong xử lý tiền thuế nộp thừa, nộp nhầm
Dự thảo Thông tư mới đã mở rộng danh mục các loại thuế được áp dụng cơ chế hoàn trả tương tự như thuế nhập khẩu. Cụ thể, các loại thuế đặc thù như thuế tự vệ, thuế chống bán phá giá, thuế tiêu thụ đặc biệt hay thuế bảo vệ môi trường khi nộp nhầm, nộp thừa sẽ được cơ quan hải quan xử lý nhanh chóng hơn.
Đặc biệt, đối với loại hình tạm nhập - tái xuất, số tiền đặt cọc tương đương tiền thuế nhập khẩu sau khi hàng hóa thực xuất sẽ được mặc định xử lý như tiền thuế nộp thừa, giúp doanh nghiệp quay vòng vốn nhanh hơn thay vì phải chờ đợi các thủ tục hoàn thuế phức tạp như trước đây.
4. Tăng cường hậu kiểm và thu hồi thuế miễn: Bài học về sự tuân thủ
Pháp luật luôn tạo điều kiện cho các đối tượng được miễn thuế theo Điều 16 Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016. Tuy nhiên, Dự thảo mới siết chặt việc quản lý mục đích sử dụng. Nếu cơ quan hải quan phát hiện doanh nghiệp thay đổi mục đích sử dụng hàng hóa miễn thuế mà không chủ động khai báo, cơ quan chức năng sẽ thực hiện ấn định thuế ngay lập tức để thu hồi số tiền đã miễn.
Đây là lời cảnh báo đanh thép cho các doanh nghiệp có ý định lợi dụng chính sách ưu đãi để trục lợi, đồng thời khẳng định vai trò giám sát chặt chẽ của cơ quan quản lý trong bối cảnh mới.
Lời khuyên cho doanh nghiệp
Trước những thay đổi mang tính bước ngoặt này, doanh nghiệp cần chủ động rà soát lại quy trình kê khai, cập nhật các phần mềm kế toán tương thích với hệ thống hải quan mới và đặc biệt lưu ý đến thời hạn xác nhận nội dung điều chỉnh thuế. Việc nắm vững các quy định tại Dự thảo Thông tư này sẽ là chìa khóa để doanh nghiệp vận hành trơn tru và tránh được những rủi ro pháp lý không đáng có trong năm 2026.