Thanh tra thuế là một phần tất yếu trong hoạt động quản lý nhà nước, nhằm đảm bảo tính minh bạch và công bằng trong việc thực hiện nghĩa vụ ngân sách. Tuy nhiên, đối với nhiều doanh nghiệp, mỗi khi nhận được quyết định thanh tra lại là một lần "đứng ngồi không yên". Thực tế, nếu nắm vững các quy định tại Luật Quản lý thuế 2019 và có sự chuẩn bị bài bản, doanh nghiệp hoàn toàn có thể biến cuộc thanh tra thành cơ hội để rà soát và hoàn thiện hệ thống kế toán của mình.
Những đối tượng "tầm ngắm" của thanh tra thuế năm 2026
Trong bối cảnh kinh tế hiện nay, cơ quan thuế đang tập trung nguồn lực vào các lĩnh vực có rủi ro cao về thất thu ngân sách. Theo xu hướng quản lý rủi ro hiện đại, các nhóm doanh nghiệp sau đây thường nằm trong danh sách ưu tiên thanh tra, kiểm tra:
- Doanh nghiệp có giao dịch liên kết: Đặc biệt là các đơn vị có dấu hiệu chuyển giá, phát sinh lỗ kéo dài nhưng vẫn mở rộng sản xuất kinh doanh.
- Lĩnh vực thương mại điện tử: Các doanh nghiệp kinh doanh trên nền tảng số, livestream bán hàng hoặc có dòng tiền lớn qua tài khoản cá nhân.
- Doanh nghiệp hoàn thuế GTGT: Các đơn vị có số thuế hoàn lớn hoặc tần suất hoàn thuế dày đặc.
- Doanh nghiệp hưởng ưu đãi thuế: Kiểm tra việc đáp ứng các điều kiện để được miễn, giảm thuế theo quy định.
Nhận diện rủi ro: Từ sai sót kỹ thuật đến lỗi phối hợp
Rủi ro trong thanh tra thuế thường chia làm hai nhóm chính mà doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý:
1. Rủi ro về mặt kỹ thuật
Đây là những sai sót xuất phát từ việc hiểu sai hoặc cập nhật không kịp thời các văn bản pháp luật. Ví dụ, việc áp dụng sai mức thuế suất, kê khai thiếu doanh thu hoặc hạch toán các khoản chi phí không được trừ khi tính thuế TNDN. Đặc biệt, các quy định về xử phạt tại Nghị định 125/2020/NĐ-CP ngày càng nghiêm ngặt đối với các hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp.
2. Rủi ro phi kỹ thuật
Nhiều doanh nghiệp bị phạt nặng không phải vì cố tình trốn thuế mà vì thái độ phối hợp không tốt hoặc nhân sự phụ trách thiếu kinh nghiệm giải trình. Việc cung cấp hồ sơ chậm trễ, tài liệu rời rạc hoặc giải trình mâu thuẫn giữa các bộ phận sẽ khiến đoàn thanh tra nghi ngờ về tính trung thực của số liệu kế toán.
Lộ trình 3 giai đoạn để vượt qua kỳ thanh tra nhẹ nhàng
Giai đoạn 1: Chuẩn bị trước khi đoàn thanh tra đến
Đây là giai đoạn quan trọng nhất. Doanh nghiệp cần chủ động rà soát lại toàn bộ hệ thống chứng từ, hóa đơn. Hãy đảm bảo rằng mọi khoản chi phí đều có hóa đơn hợp lệ và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với các hóa đơn trên 20 triệu đồng. Nếu phát hiện sai sót, doanh nghiệp nên chủ động kê khai điều chỉnh bổ sung theo quy định tại Điều 47 Luật Quản lý thuế 2019 để được hưởng tình tiết giảm nhẹ hoặc tránh bị phạt hành vi trốn thuế.
Giai đoạn 2: Trong thời gian diễn ra thanh tra
Doanh nghiệp nên chỉ định một đầu mối duy nhất (thường là Kế toán trưởng hoặc Giám đốc tài chính) để làm việc với đoàn. Thái độ cần chuyên nghiệp, cầu thị nhưng cũng phải kiên định bảo vệ quan điểm dựa trên căn cứ pháp lý rõ ràng. Tránh việc đối đầu trực diện; thay vào đó, hãy sử dụng các buổi đối thoại để làm rõ những điểm khác biệt trong cách hiểu luật giữa doanh nghiệp và cán bộ thuế.
Giai đoạn 3: Xử lý hậu thanh tra
Sau khi kết thúc kiểm tra tại trụ sở, đoàn sẽ dự thảo biên bản. Doanh nghiệp cần đọc kỹ từng dòng, từng con số. Nếu có những khoản truy thu chưa thỏa đáng, hãy mạnh dạn đưa ý kiến bảo lưu và chuẩn bị hồ sơ khiếu nại. Theo quy định, doanh nghiệp có quyền khiếu nại lần đầu trong vòng 90 ngày kể từ ngày nhận được quyết định xử phạt.
Cập nhật thời hiệu xử phạt vi phạm hành chính về thuế
Doanh nghiệp cần nắm rõ thời hiệu xử phạt để bảo vệ quyền lợi của mình. Theo quy định tại Điều 8 Nghị định 125/2020/NĐ-CP:
"1. Thời hiệu xử phạt vi phạm hành chính về thủ tục thuế là 02 năm, kể từ ngày thực hiện hành vi vi phạm... 2. Thời hiệu xử phạt đối với hành vi trốn thuế chưa đến mức truy cứu trách nhiệm hình sự, hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn là 05 năm..."
Việc hiểu rõ các mốc thời gian này giúp doanh nghiệp xác định được phạm vi hồ sơ cần lưu trữ và đối chiếu khi đoàn thanh tra yêu cầu kiểm tra các kỳ tính thuế cũ.
Lời khuyên từ chuyên gia: Đừng đợi đến khi có quyết định thanh tra mới bắt đầu dọn dẹp sổ sách. Hãy xây dựng văn hóa tuân thủ pháp luật thuế ngay từ những giao dịch nhỏ nhất. Sự minh bạch chính là tấm lá chắn vững chắc nhất cho mọi doanh nghiệp trước mọi kỳ thanh tra.