Thị trường thương mại điện tử (TMĐT) Việt Nam đang chứng kiến những bước chuyển mình mạnh mẽ không chỉ về quy mô giao dịch mà còn cả trong công tác quản lý hành chính thuế. Một trong những cải cách mang tính lịch sử và tác động trực tiếp đến toàn bộ hệ sinh thái kinh tế số chính là quy định bắt buộc cấp mã số thuế riêng cho chủ quản sàn thương mại điện tử kể từ ngày 01/7/2026.

Quy định mới này được kỳ vọng sẽ giải quyết triệt để bài toán thất thu thuế trong lĩnh vực TMĐT, đồng thời chuẩn hóa quy trình kê khai, nộp thuế của hàng triệu hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh đang hoạt động trên các nền tảng số hiện nay.

Bước ngoặt mới trong quản lý thuế thương mại điện tử từ ngày 01/7/2026

Theo quy định tại điểm b khoản 2 Điều 1 của Thông tư 90/2026/TT-BTC (văn bản mới nhất hướng dẫn về đăng ký thuế có hiệu lực từ ngày 01/7/2026), Bộ Tài chính đã chính thức bổ sung nội dung hướng dẫn về việc thực hiện đăng ký thuế và cấp mã số thuế riêng cho việc khai và nộp thay số thuế đã khấu trừ của chủ quản nền tảng thương mại điện tử ở trong nước, tổ chức tại Việt Nam có hoạt động kinh tế số khác.

Cơ sở pháp lý tối cao của quy định này được xây dựng dựa trên điểm a khoản 1 Điều 45 Nghị định 252/2026/NĐ-CP hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế 2025. Sự phối hợp đồng bộ giữa Luật, Nghị định và Thông tư cho thấy quyết tâm sắt đá của cơ quan quản lý trong việc đưa hoạt động kinh doanh trên không gian mạng vào khuôn khổ pháp lý chặt chẽ.

Vì sao chủ sàn TMĐT phải đăng ký mã số thuế riêng?

Để triển khai chi tiết quy định này, điểm h.3 khoản 2 Điều 4 Thông tư 90/2026/TT-BTC quy định rõ: Chủ quản nền tảng thương mại điện tử, nền tảng số khác ở trong nước có chức năng đặt hàng trực tuyến và chức năng thanh toán thuộc nhóm tổ chức có trách nhiệm khấu trừ và nộp thay thuế cho nhà cung cấp nước ngoài, hộ kinh doanh và cá nhân kinh doanh (bao gồm cả cá nhân cư trú và cá nhân không cư trú).

Do phát sinh nghĩa vụ khấu trừ và nộp thay thuế cho các chủ thể kinh doanh trên sàn, các doanh nghiệp chủ quản sàn TMĐT (như Shopee, TikTok Shop, Lazada, Tiki...) không thể dùng chung mã số thuế doanh nghiệp thông thường (mã số thuế dùng cho hoạt động sản xuất kinh doanh của chính sàn) để kê khai cho phần thuế nộp thay này. Thay vào đó, họ bắt buộc phải đăng ký thuế trực tiếp với cơ quan thuế để được cấp một mã số thuế riêng (mã số thuế 10 chữ số) phục vụ duy nhất cho việc kê khai, nộp thay thuế.

Việc tách bạch hai mã số thuế này giúp:

• Minh bạch hóa dòng tiền: Cơ quan thuế dễ dàng giám sát, đối chiếu số thuế phát sinh từ hoạt động kinh doanh của chính sàn và số thuế sàn thu hộ, nộp thay cho người bán.
• Tránh chồng chéo nghĩa vụ: Đảm bảo quyền lợi hợp pháp cho doanh nghiệp chủ quản sàn TMĐT, không bị đánh lẫn doanh thu của sàn với doanh thu của người bán khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp.
• Tự động hóa quản lý: Hệ thống công nghệ thông tin của Tổng cục Thuế sẽ tự động phân loại và xử lý dữ liệu kê khai theo từng mã số thuế chuyên biệt.

Đối chiếu quy định mới và cũ: Sự thay đổi mang tính đột phá

Khi đặt lên bàn cân so sánh với quy định cũ tại Thông tư 86/2024/TT-BTC, chúng ta có thể thấy rõ sự thiếu vắng các quy định điều chỉnh đối với chủ sàn TMĐT trong nước.

Cụ thể, theo điểm g khoản 2 Điều 4 và điểm e khoản 4 Điều 5 Thông tư 86/2024/TT-BTC, nhóm tổ chức được cấp mã số thuế nộp thay trước đây chủ yếu chỉ bao gồm:

• Doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân khấu trừ và nộp thay thuế cho nhà thầu nước ngoài, nhà cung cấp nước ngoài hoặc các bên hợp tác kinh doanh.
• Ngân hàng thương mại, tổ chức cung ứng dịch vụ trung gian thanh toán.
• Tổ chức được nhà cung cấp nước ngoài ủy quyền thực hiện đăng ký thuế, khai thuế, nộp thuế tại Việt Nam.

"Trước ngày 01/7/2026, chủ quản sàn thương mại điện tử trong nước chưa hề được xác định là chủ thể có trách nhiệm khấu trừ, nộp thay thuế cho người bán trong nước và đương nhiên chưa được cấp mã số thuế riêng cho hoạt động này. Mọi nghĩa vụ kê khai, nộp thuế TMĐT trước đây chủ yếu vẫn đè nặng lên vai các hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh tự giác thực hiện, dẫn đến nhiều kẽ hở gây thất thu ngân sách."

Sự ra đời của Thông tư 90/2026/TT-BTC đã chính thức trám vào lỗ hổng pháp lý này, chuyển dịch trọng tâm quản lý thuế từ "người bán tự khai tự nộp" sang "sàn TMĐT khấu trừ tại nguồn".

Trách nhiệm khấu trừ và nộp thay thuế được siết chặt như thế nào?

Với việc được cấp mã số thuế riêng, các chủ sàn TMĐT sẽ phải đối mặt với quy trình vận hành hoàn toàn mới và phức tạp hơn:

1. Thu thập thông tin: Sàn phải yêu cầu toàn bộ người bán (hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh) cung cấp thông tin định danh, mã số thuế cá nhân chính xác.
2. Khấu trừ tại nguồn: Khi phát sinh giao dịch thành công và dòng tiền thanh toán đi qua sàn, hệ thống của sàn phải tự động tính toán, khấu trừ tỷ lệ phần trăm thuế giá trị gia tăng (GTGT) và thuế thu nhập cá nhân (TNCN) theo quy định đối với từng ngành hàng.
3. Kê khai và nộp thuế: Định kỳ hàng tháng hoặc hàng quý, chủ sàn sử dụng mã số thuế riêng được cấp để lập tờ khai tổng hợp số thuế đã khấu trừ và nộp tiền thuế vào ngân sách nhà nước.

Các chuyên gia pháp lý nhận định, quy định này tuy tạo ra áp lực tuân thủ và chi phí vận hành hệ thống ban đầu rất lớn cho các doanh nghiệp TMĐT, nhưng về lâu dài sẽ tạo ra một môi trường kinh doanh bình đẳng, lành mạnh, bảo vệ các doanh nghiệp làm ăn chân chính và đóng góp nguồn thu khổng lồ, bền vững cho ngân sách quốc gia.