Trong bối cảnh cải cách thủ tục hành chính đang là ưu tiên hàng đầu nhằm cải thiện môi trường đầu tư kinh doanh tại Việt Nam, sự phối hợp liên thông giữa các cơ quan quản lý nhà nước đóng vai trò quyết định. Mới đây, Cục Thuế đã ban hành Công văn 4258/CT-NVT hướng dẫn về việc phối hợp xác nhận nghĩa vụ thuế của người nộp thuế phục vụ giải quyết hồ sơ giải thể, chấm dứt hoạt động. Đây được xem là một bước đi đột phá, tháo gỡ "nút thắt" kinh niên khiến nhiều doanh nghiệp bị ngâm hồ sơ giải thể vô thời hạn chỉ vì sự chậm trễ trong khâu phản hồi giữa cơ quan Thuế và cơ quan Hải quan.

Cơ chế liên thông "quá 3 ngày không phản hồi xem như đồng ý"

Theo nội dung tại Công văn 4258/CT-NVT, Cục Thuế đề nghị Cục Hải quan chỉ đạo các cơ quan Hải quan trực thuộc khẩn trương phối hợp xác nhận việc người nộp thuế đã hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế và các khoản thu khác thuộc ngân sách nhà nước đối với hoạt động xuất nhập khẩu. Thời hạn để cơ quan Hải quan đưa ra văn bản xác nhận hoặc phản hồi là 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản đề nghị từ phía cơ quan Thuế.

Điểm đáng chú ý và mang tính đột phá nhất của Công văn này nằm ở quy định xử lý tình huống chậm trễ phản hồi. Văn bản nêu rõ:

Nếu quá thời hạn 03 ngày làm việc nêu trên mà cơ quan Thuế không nhận được bất kỳ thông tin phản hồi nào từ phía cơ quan Hải quan, cơ quan Thuế sẽ chủ động thực hiện các thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế cho người nộp thuế theo đúng quy định của pháp luật hiện hành.

Quy định này đã đảo ngược hoàn toàn quy trình "chờ đợi thụ động" trước đây. Thay vì doanh nghiệp phải mòn mỏi chờ đợi hai cơ quan "đối thoại" với nhau, giờ đây trách nhiệm phản hồi đúng hạn thuộc về cơ quan Hải quan. Nếu cơ quan Hải quan chậm trễ, quyền lợi được giải quyết thủ tục hành chính của doanh nghiệp vẫn được bảo đảm tối đa.

Sự phối hợp liên thông giữa cơ quan Thuế và Hải quan giúp rút ngắn tối đa thời gian giải quyết thủ tục cho doanh nghiệp (ảnh minh họa)

Căn cứ pháp lý vững chắc từ Thông tư 86/2024/TT-BTC

Theo phân tích của các chuyên gia pháp lý, hướng dẫn tại Công văn 4258/CT-NVT hoàn toàn phù hợp và tuân thủ nghiêm ngặt các quy định pháp luật cấp trên. Cụ thể, nội dung này được thực hiện căn cứ vào điểm a.4 khoản 1 Điều 16 thuộc Điều 16 Thông tư 86/2024/TT-BTC quy định về đăng ký thuế do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành.

Theo quy định tại Thông tư 86/2024/TT-BTC, cơ quan Thuế có trách nhiệm gửi văn bản đề nghị cơ quan Hải quan xác nhận việc hoàn thành nghĩa vụ thuế đối với hoạt động xuất nhập khẩu của doanh nghiệp trong thời hạn 03 ngày kể từ ngày ban hành Thông báo về việc người nộp thuế ngừng hoạt động và đang làm thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế. Quy định này nhằm cụ thể hóa các nguyên tắc cải cách thủ tục hành chính được nêu tại Luật Quản lý thuế 2019, hướng tới việc xây dựng một hệ thống quản lý thuế hiện đại, liên thông và minh bạch.

Hậu quả pháp lý và trách nhiệm thu hồi nợ thuế sau khi đóng mã số thuế

Một câu hỏi đặt ra là: Nếu cơ quan Thuế đã đóng mã số thuế cho doanh nghiệp mà sau đó phát hiện doanh nghiệp vẫn còn nợ thuế xuất nhập khẩu tại cơ quan Hải quan thì sẽ xử lý như thế nào? Ai sẽ chịu trách nhiệm?

Công văn 4258/CT-NVT đã đưa ra câu trả lời rất rõ ràng để phân định trách nhiệm giữa hai cơ quan quản lý. Theo đó, sau khi cơ quan Thuế thực hiện thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế cho người nộp thuế do quá thời hạn 3 ngày không nhận được phản hồi, việc quản lý, theo dõi và chủ trì thực hiện thu hồi các khoản nợ thuế xuất khẩu, nhập khẩu phát sinh sau đó sẽ hoàn toàn do cơ quan Hải quan chịu trách nhiệm thực hiện.

Quy định phân định trách nhiệm này mang lại hai ý nghĩa lớn:

• Đối với doanh nghiệp: Giúp doanh nghiệp nhanh chóng hoàn tất thủ tục giải thể, chấm dứt hoạt động một cách hợp pháp mà không bị kéo dài thời gian vô lý, giảm thiểu chi phí cơ hội và gánh nặng hành chính.
• Đối với cơ quan quản lý: Buộc cơ quan Hải quan phải nâng cao tinh thần trách nhiệm, đẩy nhanh tốc độ chuyển đổi số và xử lý thông tin. Nếu không phản hồi đúng hạn, cơ quan Hải quan sẽ phải tự mình gánh vác việc truy thu nợ thuế phát sinh mà không thể "đổ lỗi" hay yêu cầu cơ quan Thuế giữ mã số thuế của doanh nghiệp như trước đây.

Lời khuyên thiết thực cho doanh nghiệp đang làm thủ tục giải thể

Mặc dù cơ chế liên thông mới đã thông thoáng hơn rất nhiều, các doanh nghiệp khi tiến hành thủ tục giải thể vẫn cần lưu ý một số điểm quan trọng để quá trình diễn ra thuận lợi nhất:

1. Chủ động tự rà soát nghĩa vụ thuế: Trước khi nộp hồ sơ giải thể, doanh nghiệp nên chủ động đối chiếu công nợ thuế với cả cơ quan Thuế quản lý trực tiếp và các chi cục Hải quan nơi doanh nghiệp từng mở tờ khai xuất nhập khẩu để đảm bảo không còn nợ đọng.
2. Chuẩn bị hồ sơ hoàn chỉnh: Đảm bảo nộp đầy đủ hồ sơ khai thuế đến thời điểm giải thể, hoàn thành các nghĩa vụ về hóa đơn, chứng từ theo đúng quy định của Luật Quản lý thuế 2019.
3. Theo dõi sát sao tiến độ: Doanh nghiệp cần bám sát các thông báo từ cơ quan Thuế (đặc biệt là Thông báo mẫu số 17/TB-ĐKT về việc ngừng hoạt động và đang làm thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế) để kịp thời phối hợp xử lý nếu có vướng mắc phát sinh.

Có thể thấy, Công văn 4258/CT-NVT là một minh chứng rõ nét cho quyết tâm cải cách hành chính của ngành Thuế. Việc áp dụng nguyên tắc thời hạn nghiêm ngặt đối với các cơ quan phối hợp không chỉ bảo vệ quyền lợi chính đáng của doanh nghiệp mà còn thúc đẩy sự chuyên nghiệp, hiệu quả của bộ máy quản lý nhà nước trong kỷ nguyên số.